L'intolérance au gluten provoque des symptômes intestinaux tels que flatulences, douleurs à l'estomac, la diarrhée ou la constipation, mais comme ces signes apparaissent également dans diverses maladies, souvent l'intolérance n'est pas diagnostiquée. En outre, lorsque l'intolérance est sévère, elle peut causer la maladie coeliaque, qui provoque des symptômes plus forts et plus fréquents de douleurs abdominales et de diarrhée.